3 Ninjas Knuckle Up este povestea a trei frati care practica ninjutsu de mici. Rocky, Colt si TumTum au crescut alaturi de bunicul lor din Japonia, care i-a invatat ce inseamna sa fii un ninja adevarat. Aventurile lor ii arunca in fata unui morman de deseuri toxice care ameninta siguranta unui trib american-indian si a prietenului lor pe Joe. Misiunea lor este de a depista unde a disparut tatal lui Joe, care are o discheta cu informatii incriminatoare pentru cei carora nu le pasa de acest dezastru ecologic. Autoritatile corupte sunt pe urmele lor, politia locala si un grup de motociclisti, dar nimeni nu poate face fata acestor 3 micuti si neinfricati ninja.