Din cauza unei contaminari la scara globala, omenirea este pusa in pericol de disparitie datorita faptului ca s-au pierdut capacitatile de reproducere. Doi cercetatori, Trevor si Orin, se hotarasc sa izoleze oamenii ramasi si sa duca specia umana mai departe cu ajutorul clonarii urmand sa se autocloneze pana in momentul in care vor gasi solutia pentru ca omul sa se poata reproduce iar. In momentul in care descopera solutia, Orin nu mai vrea sa intreupa procesul de clonare si aici intervine Aeon Flux, care descopera acest lucru si ajutata de Trevor, reuseste sa distruga procesul de clonare in favoarea reproducerii naturale.