Cyclops, Jean Grey şi Storm sunt copiii erei atomice, homo superior, veriga următoare în lanţul evolutiv uman. Fiecare dintre ei s-a născut cu o mutaţie genetică unică, manifestată la pubertate prin nişte puteri supranormale: Cyclops (James Marsden) poate emite din priviri un fascicul energetic capabil să strapungă munţii; Jean Grey (Famke Janssen) este telekinetică şi telepatică, iar Storm (Halle Berry) e capabilă să manipuleze după bunul plac orice fel de condiţii atmosferice. Într-o lume plină de ură şi prejudecăţi, ei reprezintă nişte ciudăţenii ale naturii, un fel de paria dispreţuiţi şi temuţi de cei care nu sunt capabili să-i înţeleagă şi să accepte diferenţa. Printre aceştia se numără senatorul american Robert Kelly (Bruce Davison), ale cărui proiecte de lege sunt menite să atenţioneze asupra pericolului reprezentat de mutanţi, care trăiesc cu miile într-o societate ignorantă. Sub îndrumarea profesorului Charles Xavier (Patrick Stewart), cel mai puternic telepat din lume, "mutanţii” au învăţat să-şi controleze şi să-şi folosească puterile unice în interesul umanităţii şi să lupte împotriva unei societăţi care se teme de ei. Ei sunt porecliţi generic "X-Men”. Profesorul Xavier are doi "studenţi” noi: pe Logan/Wolverine (Hugh Jackman) – un solitar care posedă puteri vindecătoare uimitoare, dar şi o furie intensă, animalică – şi pe Rogue (Anna Paquin), o adolescentă stranie care are capacitatea de a "absorbi” puterile şi amintirile celor pe care îi atinge. Echipa de X-Men intră într-un război filosofic şi propriu-zis cu un fost coleg şi prieten de-al profesorului Xavier, Erik Lehnsherr, poreclit "Magneto”. Unul dintre cei mai puternici mutanţi din lume, Magneto a întors spatele societăţii şi este fidel principiului că oamenii şi mutanţii nu pot coexista şi aceştia din urmă reprezintă viitorul societăţii. Împreună cu discipolii săi, mutanţii pe nume Sabretooth (Tyler Mane), Mistique (Rebecca) şi Toad (Ray Park) nu se dă în lături de la nimic pentru a-şi asigura dominaţia în viitor, chiar dacă aceasta pune în pericol însăşi existenţa omenirii.

---